Conformément à la Loi N° 2008-660 portant réforme portuaire du 4 juillet 2008, le Grand Port Maritime est dirigé par un Directoire, sous le contrôle d'un Conseil de Surveillance. Une instance consultative représentant les milieux professionnels, sociaux et associatifs ainsi que les collectivités territoriales et leurs groupements est créée avec le Conseil de Développement.